“你好，世界”被成功編碼 CRISPR技術(shù)將數(shù)據(jù)存入活細胞DNA 發(fā)表在《自然·化學生物學》

據(jù)最新一期《自然·化學生物學》雜志報道，美國研究人員通過CRISPR技術(shù)，將數(shù)字電子信號直接轉(zhuǎn)換為存儲在活細胞基因組中的遺傳數(shù)據(jù)，這或是邁向開發(fā)用于長期數(shù)據(jù)存儲新介質(zhì)的關(guān)鍵一步。

美國哥倫比亞大學研究團隊使用CRISPR基因編輯技術(shù)，將編碼二進制數(shù)據(jù)(計算機用來存儲數(shù)據(jù)的1和0)的特定DNA序列插入細菌細胞。通過將這些DNA序列的不同排列分配給不同英文字母，研究人員將文本消息“hello world!”成功編碼進了大腸桿菌細胞內(nèi)的DNA中。研究團隊隨后通過提取和測序細菌DNA解碼了該消息。

該項工作建立在研究團隊先前為大腸桿菌設(shè)計的基于CRISPR的細胞記錄儀的基礎(chǔ)上，該記錄儀檢測細胞內(nèi)某些DNA序列的存在并將該信號記錄到生物體的基因組中。該系統(tǒng)包括一個基于DNA的“傳感模塊”，該模塊響應(yīng)特定的生物信號而產(chǎn)生高水平的“觸發(fā)序列”。這些序列被并入記錄儀的“DNA錄音帶”中以記錄信號。

研究團隊在新研究中對傳感模塊進行了改裝，使其可以與另一個對電信號作出反應(yīng)的生物傳感器配合使用。然后將大量細菌放入由一系列小單元組成的設(shè)備中，并暴露于電信號下。

當施加電壓時，觸發(fā)序列的水平升高，并記錄在DNA條形記錄帶中。將具有高比例觸發(fā)序列的延伸片段表示為二進制“1”，缺少這些序列則記為“0”，由此可將數(shù)字信息直接編碼到細菌的基因組中。

一個單元可以容納的數(shù)據(jù)量很小，只有3位。因此，研究人員設(shè)計了一種方法，可以同時對具有不同3位數(shù)據(jù)的24個單獨細菌群進行編碼，共計72位。研究人員用它將文本消息“hello world!”編碼入細菌，并演示了對合并菌群進行測序并使用專門設(shè)計的分類器，可以98%的準確率檢索到該信息。

研究人員表示，活細胞內(nèi)的DNA是一種更穩(wěn)定的介質(zhì)，可以在無法預測的條件下長期保存。保留在細胞外部的DNA可能被降解，而細菌具有適應(yīng)環(huán)境變化的能力，并且可在惡劣的條件下生存。將數(shù)據(jù)存儲在細胞中而不是在體外具有許多明顯的好處。放大或復制數(shù)據(jù)要便宜得多，因為可以簡單地培養(yǎng)更多的細胞，而不必進行復雜的人工DNA合成，從而在短期內(nèi)就可將系統(tǒng)的容量大規(guī)模擴展幾個數(shù)量級。

總編輯圈點

基因物質(zhì)本身就具備天然的數(shù)據(jù)存儲介質(zhì)，因此“活細胞硬盤”的想法，科學家早已有之。但在實際操作中，這一方式距離傳統(tǒng)硬盤的存儲容量還有距離。不過，活細胞一直能被視為下一代存儲設(shè)備中的潛力股，原因就是它的穩(wěn)定與長期存儲特性，科學家寄希望于未來可利用其進行長時間的分子事件記錄和監(jiān)控，從而進一步成為人類研究癌癥、衰老和有機體發(fā)展等的強大工具。